I. Monografien:

Köchy, Ganzheit und Wissenschaft. Das historische Fallbeispiel der romantischen Naturforschung, Würzburg 1997

Köchy, Perspektiven des Organischen. Biophilosophie zwischen Natur- und Wissenschaftsphilosophie. Paderborn/München/Wien/Zürich 2003

Köchy, Biophilosophie zur Einführung, Hamburg 2008

II. Herausgeberschaften (Auswahl):

Gemeinsam mit D. Stederoth, Willensfreiheit als interdisziplinäres Problem, Freiburg/München 2006.

Gemeinsam mit M. Norwig, Umwelt-Handeln. Zum Zusammenhang von Naturphilosophie und Umweltethik, Freiburg/ München 2006.

Gemeinsam mit M. Norwig, G. Hofmeister, Nanobiotechnologien. Philosophische, anthropologische und ethische Fragen, Freiburg/München 2008.

Gemeinsam mit G. Hartung, J. Schmidt, G. Hofmeister, Naturphilosophie als Grundlage der Naturethik. Zur Aktualität von Hans Jonas, Freiburg/München 2013.

Geimeinsam mit F. Michelini, Zwischen den Kulturen. Plessners ‚Stufen des Organischen‘ im zeithistorischen Kontext, Freiburg/München 2015.

III. Schwerpunkte in Zeitschriften:

gemeinsam mit G. Schiemann, Natur im Labor. Schwerpunktheft der Philosophia naturalis, 43 (1), 2006, Frankfurt a. M.

Naturalisierung. Schwerpunktheft der Zeitschrift für Kulturphilosophie 5 (1), 2011, Hamburg.

IV. Einzelpublikationen Zeitschriften (Auswahl)

Köchy, Zwischen der „Physik des Organischen“ und der „Organisierung der Physik“: Überlegungen zu Gegenstand und Methode der Biologie, in: Journal for General Philosophy of Science 30 (1), 1999, 59-85.

Köchy, Lebewesen im Labor. Das Experiment in der Biologie, in: Philosophia naturalis 43 (1), 2006, 74-110.

Köchy, Vielfalt der Wissenschaften bei Carnap, Lewin und Fleck. Zur Entwicklung eines pluralen Wissenschaftskonzepts, in: Berichte zur Wissenschaftsgeschichte 33 (1), 2010, 54-80. DOI: 10.1002/bewi.201001450

Köchy, Naturalisierung der Kultur oder Kulturalisierung der Natur? Zur kulturphilosophischen Abwehr der Geltungsansprüche der Naturwissenschaften, in: Zeitschrift für Kulturphilosophie 5 (1), 2011, 137-159.

Köchy, Lebensbegriffe in den Handlungskontexten der Synthetischen Biologie, in: Jahrbuch für Wissenschaft und Ethik 18, 2013, Themenschwerpunkt: Leben und leben lassen. Welcher Begriff des Lebens eignet sich für die Bio- und Naturethik?, 133-172. DOI: 10.1515/jwiet-2014-0107

V. Einzelpublikationen in Sammelbänden (Auswahl)

Köchy, Zur Funktion des Bildes in den Biowissenschaften, in: S. Majetschak (Hg.), Bild-Zeichen. Perspektiven einer Wissenschaft vom Bild, Paderborn 2005, 215-239.

Köchy, Naturphilosophie und aktuelle Biologie. Das Fallbeispiel der Debatte um die Potentialität von Zellen, in: B. Falkenburg (Hg.), Natur – Technik – Kultur. Philosophie im interdisziplinären Dialog, Paderborn 2007, 111-128.

Köchy, Wie beeinflussen naturwissenschaftliche Fakten moralische Vorstellungen? in: C. Brand, E.-M- Engels, A. Ferrari, L. Kovács (Hg.), Wie funktioniert Bioethik? Paderborn 2008, 233-254.

Köchy, Kontextualistische Bioethik. Zur Rolle von biowissenschaftlichen Fakten bei bioethischen Fragen, in: M. Zichy, H. Grimm (Hg.), Praxis in der Ethik. Zur Methodenreflexion der anwendungsorientierten Moralphilosophie, Berlin/New York 2008, 153-185.

Köchy, Die Natur des Menschen und die Naturwissenschaften, in: D. Ganthen, V. Gerhardt, J.-C. Heilinger, J. Nida-Rümelin (Hg.), Was ist der Mensch? Reihe Humanprojekt. Interdisziplinäre Anthropologie Bd.3. Im Auftrag der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften, Berlin/New York 2008, 150-154.

Köchy, Konstruktion von Leben? Herstellungsideale und Machbarkeitsgrenzen in der Synthetischen Biologie, in: V. Gerhardt, K. Lucas, G. Stock (Hg.), Evolution – Theorie, Formen und Konsequenzen eines Paradigmas in Natur, Technik und Kultur, Berlin 2011, 233-242.

Köchy, Zum Verhältnis von Natur und Technik in der Synthetischen Biologie, in: J. Boldt, O. Müller, G. Maio (Hg.), Leben schaffen? Philosophische und ethische Reflexionen zur Synthetischen Biologie, Paderborn 2012, 155-175.

Köchy, Osservazione (‚Beobachtung‘), in: F. Michelini, J. Davies (Hg.), Frontiere della Biologia. Perspettive filosofiche sulle scienze della vita (Grenzen der Biologie. Philosophische Perspektiven der Lebenswissenschaften), Milano, Udine 2013: Mimesis, 279-294.

Köchy, Synthesen. Zu Konzept und Grenzen der Synthetischen Biologie, in: J.S. Ach, B. Lüttenberg, M. Quante (Hg.), wissen. leben. ethik. Themen und Positionen der Bioethik, Münster 2014, 315-331.

Köchy, Plessners Biophilosophie als Erweiterung des Uexküll-Programms, in: K. Köchy, F. Michelini (Hg.), Zwischen den Kulturen. Plessners Stufen des Organischen im zeithistorischen Kontext, Freiburg/München 2015, 25-64.